Silva Lima nasceu em janeiro de 1826, na aldeia de Vilarinho, Portugal. Em 1840 veio para o Brasil e se fixou na cidade de Salvador.
Formou-se doutor pela Faculdade de Medicina da Bahia em 1851 com a tese "Dissertação philosophica e critica a cerca da força medicatriz da natureza".
Naturalizou-se cidadão brasileiro em 1862.
Foi um dos pioneiros da "associação de facultativos" que desde 1865 reunia quinzenalmente alguns médicos baianos para comentar artigos publicados em revistas médicas européias e discutir casos clínicos dos doentes a que assistiam. Em 1866 o grupo, que em um século depois ficaria conhecido como “Escola Tropicalista Baiana”, lançou a Gazeta Médica da Bahia.
Foi editor da Gazeta desde o lançamento, em 1866, até 1910. Publicou inúmeros estudos sobre o beribéri na revista, posteriormente reunidos no livro "Ensaio sobre o beribéri no Brasil", de 1872. Foi pioneiro na descrição do ainhum.¹ Fez pesquisas sobre filariose (elefantíase), dracunculose² , maculo³ , tuberculose, aneurismas e obstetrícia. Alguns de seus artigos também foram publicados em Lisboa, Paris e Londres.
Como dos demais fundadores da Escola Tropicalista, desenvolvia suas atividades no Hospital da Caridade da Santa Casa da Misericórdia da Bahia no qual atuou por 24 anos. Embora não integrasse o corpo docente da Faculdade de Medicina da Bahia dirigia, com os colegas Otto Wucherer e John Paterson, as sessões de estudos práticos dos estudantes que eram realizadas no Hospital e incluíam trabalhos anatômicos, operações, autopsias clínicas e investigações anátomo-patológicas de interesse científico.
Foi membro do Conselho Geral da Saúde Pública da Bahia. Integrou a Comissão Médica nomeada pela Câmara Municipal em abril de 1883 para estudar a enfermidade que incidia de forma expressiva em Itapagipe e a comissão paroquial de Sant´Anna para o serviço de vacinação e revacinação.
Integrou diversas instituições científicas: Sociedade das Ciências Médicas de Lisboa, Sociedade Médica Argentina, Academia Nacional de Medicina, Instituto Histórico e Geográfico Brasileiro, Sociedade Médica da Bahia, Instituto Geográfico e Histórico da Bahia e Sociedade de Medicina e Cirurgia do Rio de Janeiro.
Foi presidente do Conselho Geral Sanitário, da Bahia desde sua criação, em 1901, até 1907, quando se retirou por motivo de saúde.
Faleceu em 1910 na cidade de Salvador.

1 Diarréia com inflamação retal e relaxamento do esfíncter anal que acometia os escravos novos.

2 A topografia médica incluía a descrição do perfil climatológico correlacionando topografia e meteorologia.

3 Observe-se que não estavam envolvidos fatores miasmáticos, o que se buscava eram as relações entre meteorologia e lesões anatomopatológicas.

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